Naprapatiens grunnlegger, Oakley Smith, ble født i Iowa i 1880. Han ble som barn smittet av skarlagensfeber, og gjennomgikk ifølge sin biografi en mengde ulike behandlinger. Oakley kom etter hvert i kontakt med kiropraktikkens grunnlegger, D. D. Palmer, men heller ikke denne behandlingen ga noen effekt. Den vakte derimot Oakleys interesse for manuell medisin, hvilket førte til at han gjennomgikk den 6 dager lange utdanningen for å bli kiropraktor.
Han var misfornøyd med kiropraktorbehandlingen, og utviklet den videre på egen hånd under tiden som student ved The Medical School of the University of Iowa. Han ga den nye behandlingsformen navnet "Naprapathy". Ordet Naprapati betyr å korrigere årsak til lidelse. Ordet er satt sammen av det tsjekkiske ordet "napravit", som betyr å korrigere, og det greske ordet "Pathos" som betyr lidelse.
Iløpet av 1904-1905 skrev Oakley Smith det som skulle bli de første lærebøkene innen manuell medisin ("A Textbook of Modernized Chiropractic"), og startet i 1907 den første naprapatutdanningen i Chicago.
Naprapatien ble introdusert til Sverige og Skandinavia av Bjørn Jonsson i 1968, som hadde studert under Oakley Smith ved Chicago National College of Naprapathy. Naprapathögskolan ble grunnlagt i 1970, og har siden starten uteksaminert ca. 1500 naprapater. I 1994 fikk naprapater autorisasjon som helsepersonell i Sverige (og Finland), og i Sverige alene utføres det årlig omkring 1,5 millioner naprapatbehandlinger.
